Desde 2001, a área da Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) é registrada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) como Sitio Arqueológico Daisaku Ikeda.
A área ganhou esse registro a partir da localização de achados arqueológicos cerâmicos como uma urna funerária e um alguidar (panelas utilizadas por povos indígenas da região amazônica). Pesquisadores apontam que os achados referem-se às fases Guarita, Cerâmica e Paredão, que têm cerca de 2.000 anos, baseados em estudos multidisciplinares que buscam compreender como as vasilhas foram produzidas, utilizadas e descartadas.
Ao redor do Sítio Arqueológico Daisaku Ikeda há outros três sítios arqueológicos registrados, como o Sítio Arqueológico Porto do Encontro das Águas, o Sítio Arqueológico Lages, com grande concentração de objetos cerâmicos, e o Sítio Arqueológico Ponta das Lajes, que fica boa parte do tempo submerso nas margens do Rio Negro.
Os sítios cerâmicos da região somam quase uma dezena e apontam para sequência de uma ocupação, aparentemente ininterrupta, desde o início da era cristã até o contato com o europeu e os dias atuais. O Sítio Arqueológico Daisaku Ikeda, área florestada em frente ao Encontro das Águas, aparenta ser contemporâneo ao Sitio Ponta das Lajes, e provavelmente ocupado pelos mesmos grupos indígenas no passado.
Fonte: Plano de Manejo da Reserva Particular de Patrimônio Natural Dr. Daisaku Ikeda
Quem visita a RPPN Dr. Daisaku Ikeda é apresentado a essa riqueza arqueológica da Amazõnia e pode apreciar vestígios de outras fase da história nas ruínas da Olaria do Senhor Andresen, que datam do início da construção do centro histórico da cidade de Manaus.
Outro patrimônio de importância histórica e cultural são as gravuras rupestres localizadas em rochas submersas no Encontro das Águas, em frente à RPPN Dr. Daisaku Ikeda, que só podem ser visualizadas em períodos de seca e de baixíssima vazão dos rios Negro e Solimões, na área conhecida como Ponta das Lages.
São várias gravuras feitas na pedra com símbolos que se assemelham a faces humanas. Essas gravuras são um mistério que intriga especialistas e, segundo arqueólogos que estudam a região da Amazônia, podem ter sido feitas entre 2.000 e 5.000 anos atrás por índigenas que habitavam o local.